しかし、前年（謎のプリンス）にアルバス・ダンブルドアがハリーに遺した仕事「ヴォルデモートを滅ぼす唯一の方法である分霊箱（ホークラックス）を破壊すること」を遂行するため学校には行かず、親友のロン、ハーマイオニーと共に旅に出た。しかし、困難な旅の中では仲間割れが起きてしまう。そんな中、苛立ったハリーは謎の遺言や、中途半端なヒントしか残してくれなかったダンブルドアに対して疑念と不信感を強めていく。

そして、影ではハリー達が旅をしている間にもヴォルデモートと彼の率いる死喰い人（デス・イーター）が着々と手を伸ばしていた。ヴォルデモート達によって魔法省は乗っ取られ、それによって、ホグワーツはセブルス・スネイプが校長になるなど、数々の異変が起きる。また、各地で殺人が起きる。しかし、これらにヴォルデモート達が関わっていることを知っているのは不死鳥の騎士団を含めるごく少数だけだった。

ハリーは、次々に起こる仲間の死に耐えながらも、ダンブルドアの驚くべき真実や、スネイプの知られざる過去、死の秘宝の秘密、分霊箱のありかなど今までの6年間で明かされようとも明かされなかった全ての真実を解き明かしながら、避けようとも避けることの出来ないヴォルデモートとの最終決戦に備え、準備を進めていく。